***$_SESSION["dil"] = $dil; bunların olduğu yere
setcookie("dil","$dil",time()*60*60*24*365);

değiştir

çağırdığın sayfanıda bu şekilde düzenlersen sorun olmaz
<?php
session_start();
***include("baglan.php");
if (!isset($_COOKIE["dil"])) {
***include("dil/tr.php");
}
else {
***include ("dil/".$_COOKIE['dil'].".php");
}
?>