if($desteklenenformatlar = array("application/pdf")){
if (in_array ($_FILES['dosya']['type'], $desteklenenformatlar)) {

Üsteki bu alanı yanlış kullanmışsın. Aşağıdaki şekilde deneyebilirsin.

$desteklenenformatlar = array("application/pdf");

if (in_array ($_FILES['dosya']['type'], $desteklenenformatlar)) {
}