Sorunu kendim uğraşarak aşağıdaki kodlarla çözüm belki diğer arkadaşlara faydası olur.
$karaktersayisi=strlen($cevaps);
$dogrusayisi=0;
$yanlissayisi=0;
for ($i=0; $i<$karaktersayisi; $i++){
if($cevaps[$i]==$cevapanahtari[$i]){
$dogrusayisi++;
 }else{
 $yanlissayisi++;
 }
}