Bu tip durumlarda genel bir veritabanı onarımı yapıp, wp güncel olsa bile güncel sürümü yükleyerek başlamak işe yarıyor.
Bu güncelleme ardından eklentileri de aynı şekilde güncel dosyalarla değiştiriyorum.
Tema kendi yazdığım bir tema ise zaten ionCube ile şifrelenmiş oluyor.
işlemler sonrasında wp-config.php'yi de şifreleyip yüklüyorum.
Gerekirse tüm Wp de şifrelenebilir.

Kısacası tüm site temizlendikten sonra dosyaları şifrelemeyi öneririm.
Sorunun çözülmesine sevindim.