Hocam kodlarınızı biraz düzenledim. Kodlarınızı fonksiyon ve class yapılarını kullanarak yazmanız, koların anlaşılırlığı arttıracak ve sonradan yapacağınız değişiklikler açısından büyük kolaylık sağlayacaktır.
Son olarak bu tür çoklu işlemleri yaparken thread kullanmanız çok büyük bir verim sağlayacaktır. İyi çalışmalar.

#-*- coding: utf-8 -*-
from urllib import *
from urlparse import urljoin

from bs4 import BeautifulSoup

def Info(url):
    try:
        site = urlopen(url)
        html = site.read()
    except:
        return 'Bağlantı Hatası'

    soup = BeautifulSoup(html)

    title = soup.title.string
    desc = soup("meta", {"name":"description"})[0]['content']
    tags = soup.findAll('a', href=True)

    return (title, desc, tags)

def Scan(url):
    urls = [url]
    visited = [url]

    while len(urls) > 0:
        url = urls[0]

        info = Info(url)
        if type(info) == type('str'):
            print info
            return

        print 'Title: ' + info[0]
        print 'Description: ' + info[1]
        print '~'*20

        urls.remove(url)
        tags = info[2]

        for tag in tags:
            tag['href'] = urljoin(url, tag['href'])
            if url in tag['href'] and tag['href'] not in visited:
                urls.append(tag['href'])
                visited.append(tag['href'])

if __name__ == '__main__':
    while True:
        url = raw_input('URL: ')
        Scan(url)