Adaletli bir dağıtım için rastgele (random) kullanabilirsiniz.

$ogrenciler = mysql_query("SELECT * FROM `ogrenciler` ORDER BY `ogrenci_id` ASC");

while($ogrenci = mysql_fetch_array($ogrenciler))
{
$rastgeleproje = mysql_query("SELECT * FROM `projeler` ORDER BY RND() LIMIT 1");
mysql_query("UPDATE `projeler` SET `ogrenci_id` = '".$ogrenci["ogrenci_id"]."' WHERE `proje_id` = '".$rastgeleproje["proje_id"]."'");
}

Doğru anladıysam böyle bir çözüm getirilebilir.