Yazdığınız sorgu biraz hatalı olmuş. Tablo adınız "user", primary key'iniz "id" ve email adresini tuttuğunuz sütunun adı "email" olduğunu tahmin ederek şu şekilde olacağını düşünüyorum;
DELETE u1 FROM user u1, user u2 WHERE u1.id < u2.id AND u1.email = u2.email
Hocam primary key'im userid'di ve sonuç 883 kişi silindi. Hem de sadece duplicate olanları

normalde ben hepsini silmeyi göze almıştım

çok çok teşekkür ederim beni 2 günlük işten kurtardınız!