Hocam düzenleme derken ne yazık ki fazla bir bilgim yok sql hakkında sadece temel sorguları biliyorum.
Şunu denedim olmadı mantıksız mı olmuş?
DELETE FROM user WHERE GROUP BY email HAVING ( COUNT(email) > 1 )
Yazdığınız sorgu biraz hatalı olmuş. Tablo adınız "user", primary key'iniz "id" ve email adresini tuttuğunuz sütunun adı "email" olduğunu tahmin ederek şu şekilde olacağını düşünüyorum;
DELETE u1 FROM user u1, user u2 WHERE u1.id < u2.id AND u1.email = u2.email