öncelikle bütün dizinleri belirliceksin
sonra her dizindeki dosyaları belirliceksin
sonra aynı dizinler upload edilecek klasörde oluşturulup tekrar bütün dosyalar oluşturulan dizinlere yerleştirilcek

kısaca hazır kalıp ve fonksiyonlar arayın yoksa manuel olarak yazmak çok zor sanırım. :/