Arkadaşım is null ve is not null sadece null olan ve olmayanları getirir. Yani boş demek null demek değildir. Eklerken boş olarak eklenmiş olabilir.

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...with-null.html

Boş olanları almak istiyorsan:

$sql = 'select * from tablon where alan=""';

şeklinde dene.