Masterpage ismini değiştirince sıkıntısız çalışıyor dediğine göre isimle alakalı dll kodunda birşey olabileceği geldi aklıma ama genelde bu şekilde bir sıkıntı çıkmaması gerek.
Yeni bir proje açıp aynı isimle masterpage yaratıp tekrar dener misin.