Hocam sorun sizin bilgisayarınızda, ftp'nizi açtığınızda dosyalardaki iframe kodları tipik worm , trojan bulaştırmış olabilir.
Şöyle yapmanızı tavsiye ederim ;

* Dosya yedeklerinizi alın, panelinizden varsa veritabanı ve dosyaların tümünü yedekleyin.
* Sitenizdeki tüm dosyaları silin. ( Veritabanı dahil )
* Combofix ve Spybot - Search & Destroy programlarını indirin. ( Freeware'dir.)
* İnternet bağlantınızı kesin.
* Dosyalarınızdaki tüm iframe kodlarını tek tek manuel olarak temizleyin. Notepad++ ile, ctrl+f komutu ile kodları bulup bulup silin ( İşinizi kolaylaştırır. )
* Veritabanını bir check edin. ( Oraya bulaşacağını sanmam ama, sitenizi barındırdığınız firma eğer shell yediyse, bir ihtimal mysql ide etkilemiş olabilir. )
* FTP programınızı kaldırın ( Özellikle pacth veya cracklenmiş sürüm ise ).
* önce Spybot - Search & Destroy ile tarama yaparak sisteminizdeki worm ve trojanları kaldırın. ( Hiç ummadığınız eklenti ve programlarda dahi bazı zararlı kodlar tesbit edebilir, özellikle REGEDİT içerisindeki uzantıları. )
* Combofix'i çalıştırın, güncellenecektir otomatik olarak. O ara başka bir program kullanmayın.
* Sonrasında, pc'nizi yeniden başlatın.
* Filezilla ücretsiz sürüm indirip, temiz dosyalarınızı upload edin.
* Veritabanını import edin.
* Panelinizden ftp , mail, veritabanı isim ve şifrelerine kadar tekrar değiştirerek yapılandırın.

Eğer atladığınız bir nokta yok ise, kesinlikle sorun çözülecektir.

( tmp, cache gibi dosyalar eğer yazılımınız içerisinde varsa, onlarıda temizleyin. )

Sorun devam ederse, seve seve yardımcı olurum