Siteniz joomla değil ise eğer aynı ip üzerinde başka bir siteyi o ip üzerinden o kişinin indexlerini almış google ayrıca işin pis tarafı sizin içeriklerde başka sitelerce kullanılıyo olarak görebilir google. Bu duruma kendinize farklı ip alarak başlayabilirsiniz ve ardından 404 sayfalarını manual kaldırmanız gerekecek.

Sitenizdeki yapı birden değiştiği için google böyle gördüğü için konular veya script olarak farklı gördüğü için size ceza vermiş olma ihtimali yüksek sorununuzu umarım doğru anlamışımdır, anlatabilmişimdir.