Net birşey söylemek güç.

Sunucu genelinde bir problem olsa tüm sitelerde yapardı bunu.

Siteye özel yapması için sistemde litespeed yada cloudlinux olması gerekirki, eğer scriptte bir işlem yapıldığında script aşırı php-sql sorgusundan tıkanıyorsa sistem onu daha geç açtırır, bu da yaşadığınız problemleri özetler. 2 sitenin aynı script olması birşeyi değiştirmez, tema eklentiler veritabanı yapısına göre değişir süreç. Türkiye lokasyon olması problem yaratmaz, bence sorun scriptinizde.