Subdomain sitenin header etiketlerine

<META NAME="ROBOTS" CONTENT="NOINDEX, NOFOLLOW">

ekleyebilir,

robots.txt dosyanızı

User-agent: *
Disallow: /

olarak düzenleyebilirsiniz.

Edit : Tüm bunları site2.site1.com'un dizininde gerçekleştirin. Site1 de uygulamayın. Ayrıca google bunlara rağmen bazen indexleyebiliyor.

htaccess php script vs ile google bot'u site dışında bırakabilirsiniz.