Başında düzgün ilgi verseniz sorun olmaz.
Kök dizin yazma izinlerini kontrol edin sonra güvenli bir sunucuda barınsın siteniz.
Kullandığınız yazılım güvenli olsun.

Kısaca;
1. Sağlam hosting (Açık bulunmayan güvenli bir firmadan)
2. Dosya okuma/yazma izinlerinin uyumu.
3. Kullanılan kod yazılımının güvenilir ve açıksız olması.
4. şifrelerinin güveni için bağlantı yapan bilgisayar güvenliği.

Sonrası zaten hack olmaz.
Ancak botnet yapa bilirler onunda maliyeti yüksek fiyatlara önlemi alınır ama değmez büyük projen olması gerekir ki karşılasın.