Yeni sürüm dosyalarını indirip eski dosyaların üzerine yazdırıp /install/upgrade.php çalıştırarak yapabilirsin.
Ayrıca 4.x, 5.x gibi serilere geçişi önermiyorum. 3.8.8'e geçeceksen o ayrı.
Hocam dediğinizi yaptımda
http://yazilimcity.com/forum/ son durum bu ?