İoncube loader sitesinden işletim sisteminize uygun loader tar.gz dosyasını indirip tar.gz den çıkarın, sonrasında php.ini üzerinden mevcut ioncube yolunu yeni dosyanın so dosyası ile güncelleyip apacheyi restartlayın tamamdır. php -v komutu ile versiyonu kontrol edebilirsiniz.