htaccess dosyanızla ilgili sorununuz olabilir, önce htaccess'in adını değiştirerek deneyin erişebilirseniz, rewriteurl modülünün aktif olup olmadığını kontrol edin. genelde bundan kaynaklı oluyor.
htaccess i calismam bitmeden kullanmadigimdan sitede dot dosyalarina dair bir sey yok.