W3 MYSQL'den temizleme felan yapmaz öyle bir özelliği yok sadece cache ederek hızlı sunumu sağlar. MYSQL artıkları yani eklenti kur kaldır sonrası kalan gereksiz fazla tablolar için müdahele etmeniz gereklidir.

Wp Cleanfix eklentisi var bu konuda iş görür ama yetersiz. Daha kesin bir eklenti bilen arkadaş varsa ve paylaşırsa çok iyi olur.