ignore_user_abort ile yapabilirsin. Her gün saat 00.00'da rastgele bir saat seçtirirsin, PHP'yi o saate kadar uyutursun, işlemi yaptırırsın, 00.00'a kadar tekrar uyutursun...

Dipnot: ignore_user_abort kullanırken dikkatli olmak lazım çünkü PHP durmuyor Durdurmak içinde her gün istediğin işlemi yapmadan önce örneğin o klasörde bir "abort.txt" dosyası varlığını kontrol ettirebilirsin. Durdurmak istediğinde o dosyayı oluşturursun ve komutlar durur.