ioncube her türlü kırılıyor malesef.

* kodlarınızı önce obfuscate edip sonra ioncube ile encode ederseniz en azından decode edilse bile kodların anlaşılmasını zorlaştırabilirsiniz.
* önemli .js dosyalarını kendi sunucunuzdan okutup bu dosyalarda çeşitli kontroller yapabilirsiniz. (php ile ref - lisans kontrolü vs.)
* bazı önemli işlemler için kendi sunucunuzdan api oluşturup bu işlemler için lisans kontrolü - dosya doğrulaması yaparak en azından bazı işlemlerin çalışmasını engelleyebilirsiniz.