Eğer sistem wp ise ve all in seo kullanıyorsanız sadece all in seo ayarlarındaki no index kutucuklarındaki tikleri kaldırmanız yetmiyor sanırım. (en azından bende öyle oldu). Sitemap ayarlarını yaptıktan sonra wmt'de sitemapi tekrar yolladım. Bir de alt sayfaları indexlenmeyen kategori sayfalarını google gibi getir diyerek dizine ekledim. Sitem 1 aylık bu işlemleri yaptığım günün akşamı düzeldi.

Eğer wp değilse ve sayfalarda no index yoksa google gibi getirip bir kaç manuel imlemeyle halledebilirsiniz diye düşünüyorum.