gönderdiğiniz ekran görüntüsünde swap kullanımı mevcut. Ayrıyetten de ram kullanımı düşük.

Mysql derlemelerinden ötürü sorun yaşıyor olabilirsiniz. Yada vps hizmetleri paylaşımlı karnel ve cpu ya sahiptir. Farkli bir müşterinin sebep olduğu yoğun sql kullanımlarından doğan cpu kullanımı sizide etkiler.

Tavsiyem vds hizmetine geçmenizdir. Ayrıca düzengün ve sizi temsil eden bir mysql derlemesi olursa sorun yaşayacağınızı tahmin etmiyorum.

Düşünürseniz tüm bu düzenlemeleri yapabiliriz.