Hatırlıyorum bir web sitemde 3 kere script değişikliğine gitmiştim.Script değişikliğinde yaptığım aşamaları söyleyim size ilk önce tüm indexleri googleden kaldırtım çünkü 404 sayfası vereceği için hemen çıkma oranınnın yükselmesini sağlayacaktı.Google url kaldırma aracından / işareti ekleyip hepsi kaldırıldı.Daha sonra url ler kaldırıldıktan sonra google kaldırma aracına giderek işlemi sildirdim.Sonra tertemiz yeni indexlerle yola devam ettim sizede tavsiyem bu yöndedir.Söylemek gerekirse site daha sonraları çalışmalarla uçuşa geçti