Pure PHP SSH2 eklentisini öneririm: http://phpseclib.sourceforge.net/ adresinden indirebilirsiniz.

Kodları şunlara göre ayarlarsınız:
<?php
include('Net/SSH2.php');

$ssh = new Net_SSH2('www.alanadi.com');
if (!$ssh->login('kullaniciadi', 'parola')) {
    exit('Giriş Başarısız');
}

echo $ssh->exec('pwd');
echo $ssh->exec('ls -la');
?>