İoncube gibi sunucu taraflı çalışan bi şifreleme yöntemini bile kırabildiklerine göre, base64 le falan şifrelenen bütün kodlar çözülebilir.
Online PHP obfuscator diye aratın, bahsettiğiniz sistemi bulacaksınız.
Birde müşteriye veya genel paylaşıma açılan dosya her türlü çözülür, kırılır. Siz sadece bu işlemi zorlaştırabilirsiniz. Bunun aksini iddaa edenin olacağını sanmıyorum
ioncube ve base 64 ikisi içinde ufacık programlar var, şifreli .php dosyasını atıyorsunuz klasöre hop alıyorsunuz şifresiz dosyayı 2 saniye içinde.