function indexOtele(&$data,$otele){
		$toplam = count($data);
		$temp = $data;
		$kelime = explode(',', $data[$otele]);
		$temp[$otele] = trim($kelime[0]);
		
		$index = ($otele + 2);
		
		for ($i=$index; $i <= $toplam; $i++) { 
			$temp[$i] = $data[$i - 1];
		}
		
		$temp[$otele + 1] = str_replace(array(", -","kğ"), array("","ğ"), $data[$otele]);
		$data = $temp;
	}

	$data = file("filename.txt");
	$toplam = count($data);
	
	for ($i = 0; $i < $toplam; $i++) {
		if(strpos($data[$i], ",") !== false){
			indexOtele($data,$i);
			$toplam++;
		}
	}

abacı
abacılık, -ğı
abadi
aba güreşi
abajur
abajurcu
abajurculuk, -ğu

Array
(
    [0] => abacı
    [1] => abacılık
    [2] => abacılığı
    [3] => abadi
    [4] => aba güreşi
    [5] => abajur
    [6] => abajurcu
    [7] => abajurculuk
    [8] => abajurculuğu
)