Bunun için cron'la uğraşmaya gerek yok, eklentinin ana sayfasında o anki zamanı alıp, if saat>3 ve daha önceki temizlikten önce 24 saat geçmiş ise önbelleği sil, ayarlara silindiği zamanı saat 3 kaydı düş diyebilirsin. Ancak eklentin nedeniyle, WP'nin kodları çalışmayabileceği için bir işe yaramayabilir, daha doğrusu önbelleğe alınmamış bir yazı tıklanana kadar işe yaramayacaktır. .htaccess ile önbellek dosyaları arasına zamanı kontrol edecek ya da başka kontrol işlemlerini yapan bir php dosyası koymazsanız, dediğinizi eklentinizin mevcut çalışma düzeniyle yapamazsınız.
Eklentiniz bu haliyle önbelleğe alınmış sayfa için WP'yi devre dışı bırakıp, doğrudan .html dosyasına yönlendirme yapıyor, ancak önbelleğe alınmış dosya yoksa o zaman WP devreye girip, ilgili sayfayı görüntülüyor.
Kısaca eklentiniz bu haliyle kullanıma pek uygun değil gibi geldi bana.