Ben de benzer bir ayar kullanıyorum sitemde, mevcut reklamın boyutlarıyla oynamadığın için sorun olmaz.

Ben de headerda 728x90 ve 468x60 birimlerini, siteye girenin monitör çözünürlüğüne göre uygun olanını göstertiyorum. Çünkü diğer türlü küçük monitörde reklam ile logo üst üste biniyor.

Ayrıca mobile sürüm için de adsense'in mobil reklam kodlarını da ekledim, mobile girenlere mobile adsense reklamları görünüyor.