Sanırım sitenizi yedeklemek istiyorsunuz, timeout sorunu oluyor maalesef eğer dosyalarınız çok ise. Zamanında bende böyle bir şey yaparken kendime başıma gelmişti, sıkıştıramadan timeout veya cpu kullanımından yarıda kalıyor işlem. Php ile zipleme pek sağlıklı olmuyor sonuç itibarı ile. Masaüstü uygulama işinizi görürse pm atın, istediğiniz kadar site ekleyip, yedekleme yapabileceğiniz bir şey yazabilirim.