Yanılmıyorsam yapmak istediğiniz, bir sciprt 'e özel tema yapmak. Bunu örneklendirmek gerekirse prestashop ücretsiz e-ticaret sistemini ele alabiliriz, php class vs. farklı yerlerde barınmakta ve .tpl uzantısında html vb içerikli tema dosyaları var ancak burada bile bir değişken var illa ki bir yerde birlikte kullanmanız gerekir az ya da çok.
Eğer yine sizi yanlış anlamışsam lütfen örnek vererek ve daha detaylı olarak iletiniz.

Kolay gelsin.