1. Bana sorarsanız, SEO açısından /%postname%/ yerine /%postname%.html daha yararlıdır aynen sizin düşündüğünüz gibi. Bu konuda öznel fikir ayrılıkları var. Şu anki kullanımınız da yanlış değil, /?p=1 vs olmadıkça sorun oluşturmaz. Hatta bazı görüşler, link uzantısı daha kısa olduğu ve klasör şeklinde yapılandırıldığı için daha faydalı olduğu yönünde. Yani değiştirmeyin. Boş yere indexleriniz silinir, alt sayfalarınıza aldığınız backlinkler boşa gider.
2. İlla değiştirecekseniz de .htaccess üzerinden yönlendirme yapabilirsiniz.

Kolay gelsin.

Sayfa uzantılarını değiştirmek bir nevi optimizasyon işlemidir.Sitenizdeki yazıların daha çabuk indexlenmesini sağlar.

İşlemin uygulanış şekli şu şekildedir;
Öncelikle wordpress’in kurulu olduğu kök dizinde(başka bir klasörde ise oraya /blog gibi) boş bir .htaccess dosyası oluşturalım. Eğer zaten .htaccess dosyası varsa hiçbirşey yapmadan aşağıdaki adımları izleyelim.

Ayarlar » Kalıcı Bağlantılar sayfasını açalım.

Varsayılan bağlantı yapısı seçili haldedir. Özel yapı’yı seçelim ve yandaki kutucuğa: /%category%/%postname%.html yazalım.
Daha sonra Değişiklikleri Kaydet butonuna tıklayalım.
Artık sitenizdeki tüm bağlantılar http://www.siteadi.com/kategoriadi/makale.html şeklinde görüntülenecektir.
Eğer .htaccess dosyanızın yazılabilir olmadığına dair bir hata mesajı gelirse, sitenizin ana dizininki .htaccess dosyanız için Linux sunucularda 777 iznini vermeniz gerekir.

Diğer seçenekler

www.siteadi.com/deneme-yazisi.html
Şeklinde görünmesini isterseniz.
/%postname%.html

www.siteadi.com/1-deneme-yazisi-aaa.html
www.siteadi.com/2-deneme-yazisi-bbb.html
Şeklinde görünmesini isterseniz.

/%post_id%-%postname%.html

www.siteadi.com/deneme-yazisi-1.html
www.siteadi.com/deneme-yazisi-2.html
Şeklinde görünmesini isterseniz.

/%postname%-%post_id%.html

www.siteadi.com/1.html
www.siteadi.com/2.html
Şeklinde görünmesini isterseniz.

/%post_id%.html

Alıntıdır ama işlemler doğru ve test edilmiştir