Webmasters tool'da zaten görünmez, siz onları tek tek ekleyip, URL'yi kaldır diyeceksiniz.
wp-content içerisinde uploads klasörü olduğundan, google görseller'in o dizin içindeki resimleri indekslemesi lazım, ayrıca mesajımda da dediğim gibi wp-content klasörü içindeki temel klasörlerde boş index.php dosyaları var, bu nedenle o klasörler indekslenmez, ancak sonradan eklenen ve içerisinde index dosyası olmayan klasörler indekslenebilir, bunun önüne de .htaccess ile klasör listeleme özelliğini kaldırarak geçebilirsiniz.
Sitemin robots.txt dosyasını inceleyin, kendinize göre düzenleyin.