MySql sunucu çöküyor olabilir, sunucunun size ayrılan belleği yetmiyor olabilir, sunucudaki başka bir site sunucu kaynaklarını sömürüyor olabilir.
Kısaca sorun sunucu kaynaklı olabilir, tabi eğer sizin sitenizin belleği tüketecek bir işlemi yoksa.