deneyin isterseniz.

<div id="slideshow">
      <ul id="slides">
      <?php
		$i = -1;
		$mykey_values = get_post_custom_values('resim');
		foreach ( $mykey_values as $key => $value ) {
		echo "<li> $value </li>";
		?>	
       </ul>
</div>
<?php  $i++; ?>
<ul id="pagination" class="pagination">
<li onclick="slideshow.pos(<?php echo $i; ?>)"><?php echo $i+1; ?></li>                 
<?php  } ?>
</ul>

bir /div fazladan kapatılmış sorun belki de oradadır. ayrıca li içerisindeki onclick'e $i ekleyip, ">...</li> noktalı yere eklenmemesi de eksikti.