Tam olarak ne yapmak istediğini bilmediğimden doğru bir şey söylemek zor.

Burada ayrım sistemin sana ne kadar özel olacağı ile alakalı. PaaS verdiği özelliklerle seni kurtarıyorsa arkasındaki bir çok teknoloji ve framework ile birlikte VM'den daha avantajlıdır ama PaaS içinde istediğin esnekliği sağlayamıyorsan VM'e derim.

AppFog daha önce hiç kullanmadım o nedenle entergrasyon hakkında bir şey diyemeyeceğim ama dökümantasyonlarına bakarsan bilgi vardır muhakkak.