Şimdi şöyle izah edeyim;
Hani menünün üstüne gelince havalı bi şekilde arkaplan değişiyor ya transitions özelliği ile, işte gradient'li backgrounda verince olmuyor, ya da ben yapamadım.

Not : Bu arada gradient'i CSS3 ile verdim imaj yok
kodlar aşağıdaki gibidir.

<!DOCTYPE HTML>
<html lang="en-US">
<head>
	<meta charset="UTF-8">
	<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0"/>
	<title>Responsive Web Design</title>
	<script type="text/javascript" src="jquery-1.8.3.min.js"></script>
	<script type="text/javascript">
		$(document).ready(function(){
			
		});
	</script>
	<style type="text/css">
	nav ul#menu{
		width:900px;
		height:40px;
		margin:0 auto;
		list-style:none;
		background:#c03;
		background:linear-gradient(top,#c03,#900);
		background:-webkit-linear-gradient(top,#c03,#900);
		background:-moz-linear-gradient(top,#c03,#900);
		background:-ms-linear-gradient(top,#c03,#900);
		font:12px tahoma;
		padding:0;
	}
	nav ul#menu li {float:left;}
	nav ul#menu li a {
		text-decoration:none;
		color:#fff;
		display:block;
		line-height:40px;
		padding:0 20px;
		transition:background .5s;
		-webkit-transition:background .5s;
		}
	nav ul#menu li a:hover{
		background:linear-gradient(top,#009CCC,#006F91);
		background:-webkit-linear-gradient(top,#009CCC,#006F91);
	}
	</style>
</head>
<body>
		<nav>
			<ul id="menu">
				<li><a href="#">Anasayfa</a></li>
				<li><a href="#">Hakkımızda</a></li>
				<li><a href="#">Misyonumuz</a></li>
				<li><a href="#">Vizyonumuz</a></li>
				<li><a href="#">Foto Galeri</a></li>
				<li><a href="#">Referanslar</a></li>
				<li><a href="#">İletişim</a></li>
			</ul>
		</nav>
</body>
</html>