get ile id yi gönderiyorsan
örneğin index.php?id=5

burdaki id sayısal durumlarda

$id = intval($_GET["id"]);

id'yi böyle al

post ile veri gönderiyorsan strip_tags , htmlspecialchars, addslashes bu fonksiyonları iyi kavra

şifre md5 olayı ise
$sifre = md5($_POST["sifre"]); // $sifre değişkenine post ile gelen sifreyi md5ledik
insert into tablo_adi (sifre) values ('$sifre')
ile veritabanına md5li şifreyi kayıt edebilirsin. gibi gibi. Kolay Gelsin.

Günümüz çağında ioncubeler bile decodeye uğrarken çalınmayı engellemenin pek yolu yok.

Lisans dosyasını başka sunucuda tutup function ları orda çalıştırmaktan başka ki buda tam bir hantallık olur.

Diğer sorunuza gelirse, öncelikle get ile çalışmaktan ziyade post ile çalışmanızı tavsiye ederim.

Gelen veri get de olsa post da olsa bunları belirli süzgeçten geçirmelisiniz ki curl ile lamerlerin yaptığı postlarıda engelleyebilesiniz.

Süzgeç için ise, mysql_real_escape_string kullanılabilir gelen veri sadece int ise intval kullanılabilir ki daha bir çok function var bunları php.net 'den bulabilir ve uygulayabilirsiniz.