Benim tecrübem,

Boş bir sayfa oluştur.
<meta name="googlebot" content="noindex,nofollow"/>
metayı sayfaya ekle.
htaccess ten 404 error sayfalarını bu boş sayfaya yönlendir.
Belli bir zaman sonrada bu sayfayı kaldırırsın olur biter.
Ben 1 yıl boyunca 404 sayfalarını temizleyememiştim.
Bu yöntemle temizledim.

Saygılar