Kullandığınız javascript kodu ya html kodundan sonra yüklenmeli yada window load edildikten sonra çalıştırılmalı.

<a href="#a12" id="mesajlar">deneme</a>

<script>
var verim = $('#mesajlar').attr('href'); 
verim = verim.replace('#','');
alert(verim)
</script>

Veya

<script>
$(window).load(function() {
	var verim = $('#mesajlar').attr('href'); 
	verim = verim.replace('#','');
	alert(verim)
});
</script>

<a href="#a12" id="mesajlar">deneme</a>