SSH'a bağlandığınız sürece cpanelin olup olmaması birşey değiştirmiyor. FTP çalışmazsa, SFTP ile ftpye bağlanırsınız, phpmyadmin kurup mysql'e erişirsiniz, roundcube kurup mailllerinizi okursunuz. Root sizsiniz, open source ile istediğinizi yapabilirsiniz.