Hocam index.php değiştiriyorlar genelde webroot yoluyla.

Bunun cevabı çok basit sitenizin tema dosyası içerisindeki 404.php dosyasını kalıcı olarak silin temanız üzerinden.

Çözüme ulaşmış olacaksınız.

Genellikle bu dosya içerisinden hack ediliyor siteler index atılıyor saygılarımla.