ajax,flash kullanılmasının sebebi sadece çoklu upload değil. genelde php çalışma zaman aşımı 30 saniyedir. 30 saniyede dosyaların yüklenmiş olması lazım resim boyutu, internet hızı,resim sayısı gibi nedenlerden dolayı sayfanın işlemi tamamlamadan yarıda kesilmesi kaçınılmaz olduğundan pek tavsiye etmem şahsen
Php.ini üzerinden aşılabilecek küçük bir sorun olabilir, dediğiniz diğer upload sistemleri içinde geçerlidir.