4 yolu var.
1- menuyu superfish veya benzeri bir menu ile değiştirebilirsiniz.
2- a link, input gibi ana menunun altında kalan class lara z-index: 101; girebilirsiniz.
3- menu.html içindeki <body> vs kısımlarını temizleyip deneyebilirsiniz.
4- menu.html dosyasındaki kodları kullandığınız sistemin header.tpl, php vs kodlarında menunun olduğu yere ekliyebilirsiniz. çünkü menu iframe ile çağırdığından orada 250px lik bir alan oluşuyor ve komple alt kısımda görünmesede varlığı linklere inputlara yansıyor.
2. yolda bu sefer de üye girişi inputlarının üzerine menu düşerse menu yine eskisi gibi menu otomatik kapanacaktır. kısacası css nin yedeğini alıp z-index: 101; i bir deneyin.
olmassa FlexNav veya superfish menu kullanın. ama zaten mega menu kullandığınızdan 4. yol şu an için en doğrusu. yani iframe ile çağırmamak.