edit: Aynı sorun bir sitemde mevcut her dizine default.php dosyası atılmış ve base64 şifrelenmiş yönlendirme kodu var.Çözüm bulduydan yazarmsın.
-------------------------------------------

Çözdüm ; .htaccess dosyasına yönlendirme konulmuş sildim çözüldü. ayrıca tekrar chmood ayarlarına kontrol ettim bazıları açık kalmış. Komple siteyi taratıp default php olan yerleri sildim.