Dosyaları arşivleyip şifrelerseniz arşive virus giremez fakat bulunduğu klasöre gene gelebilir o koruma programsız(pcye yüklü) engellenemez.Dediğiniz gibi(hdd de çalışan) birşey hiç duymadım şimdiye kadar. Gene portable virus programı koyabilirsiniz ama onu gene kullanıcı manuel çalıştırıp tarama yaptırması gerekir.

Birde dosya aktarırken o kadar zahmete girceğinize linux live cd indirin internetten(mesela ubuntu) onu cd den çalıştırın ve harddiskkten nereye aktarcaksanız dosyaları aktarın.(Tabi virus arşivin içinde değilse) Linux işletim sistemi olduğu için virus çalışamaz. Aktardıktan sonra da o hdd ye format atarsınız.