Şimdi ftp den bulaşmışsa büyük ihtimalle tüm dosyalarınıza, index.php eklentiler ve js dosyalarınıza bulaşmış olabilir. Bütün dosyalarınızı indirip yardımcı bir program ile detaylı bir arama yaptırın zaten bulaşan yerler çıkacaktır. Ama dediğim gibi eklediğiniz bir eklentide de olabilir eklentileri deaktif edip önce öyle bakmanızı öneririm. Eğer sorun devam ediyorsa ftp yedeğini çekip dosyalarınızı temizleyin.