Kütüphane dosyalarını php pear vs.. dosyalarının olduğu yere koyabilirsin.

ini_get('include_path') ile dizini öğrenebilirsin.

yada gerekli yetkileri verip kendine özel bir dizine ekleyebilirsin.

ini_set('include_path',ini_get('include_path').':/home/benimdizim/kutuphane/:');

Müşterilerinin php çalıştırmasını istemiyorsan.
ftp hesabı acarken belirli dizinlere izin verirsin ve apache ayar dosyasında sadece css,js,jpeg vb.. dosya uzantılarını çalıştırmasını diğer dosya türlerini text/html şeklinde çalıştırmasını sağlayabilirsin.
Bu işi .htaccess ile yapmanı önermem .htaccess'i silip korumayı devre dışı bırakırlar.