En basit şekilde müşteriler için add-on domain kullanılacağını varsayarsak, $_SERVER['HTTP_HOST'] değişkenine bağlı olarak tema dosyaları add-on domain dizini içinden çekilir. Yine $_SERVER['HTTP_HOST'] kullanılarak domaine göre bağılanılacak veritabanı tanımlanabilir.
Diğer, geri kalan sistem dosyaları da üst dizinlerde yer alır. Her add-on domain içinde 1 adet index.php, .htaccess vb. olacak bir de. Bu index.php dosyası sistem dosyalarını üst dizinlerden include, autoload edip yazılımı sadece boot edecek. (Güncel bir MVC framework incelerseniz, sadece index.php üzerinden çalışıyorlar.)
Gidilecek üst dizin önemli, tanımlı ana domain kullanıcı dizininden (home/user) daha yukarı çıkacaksanız, "php basedir" korumasına yakalanabilirsiniz.